東京五天四夜住宿區域選擇及行程建議請教 - 東京

各位日旅版的前輩們你們好：
我預計6/20~6/24去東京遊玩
班機是選擇酷航
6/20(六) 6:35台北桃園~10:45東京成田
6/24(三) 11:55東京成田~14:25台北桃園

目前預計一定要去的行程有三個：迪士尼、吉卜力美術館、皇居
會想去皇居是因為我和先生都很喜愛跑步
但還沒能有機會參與東京馬拉松的盛會
因此希望朝聖一下日本的跑步熱門景點，追隨名人高木直子和村上春樹的腳步

暫定安排行程如下
6/20(六)成田機場→新宿飯店放行李(?)→吉卜力美術館
6/21(日)
6/22(一)皇居(希望7:00前至皇居開始體驗晨跑，中午前盥洗完畢)
6/23(二)迪士尼一整天(避開六日一人潮較多的日子)
6/24(三)飯店→成田機場

住宿原則上希望安排四個晚上都在同一飯店
以省去收拾行李及尋找住宿地點的時間
但若版上前輩覺得因為行程而拆成兩地各住宿比較妥當也請給我們建議

現在有三種區域選擇請前輩們幫忙考量利弊哪種較適合我們~

1.四晚都住新宿：
優點：交通方便(去吉卜力美術館較近)，晚上很有得逛和吃
缺點：飯店一大早至皇居的交通問題&跑完後的盥洗問題&去迪士尼較遠
(1)交通上可選擇搭車(但怕擠到人潮)或跑步出發約6km(但怕迷路)到皇居
(2)盥洗就是跑完後在周圍的runner station洗澡(大約台幣300元)，接續下午的觀光行
(3)迪士尼就怕趕最早班班車也沒辦法搶開園入場

2.四晚都住東京車站：
優缺點和上述住新宿剛好相反
優點：省去跑步交通問題、盥洗問題、享受晨跑夜跑的生活、去迪士尼和來回成田機場較近
缺點：去吉卜力美術館較遠、晚上會不會比較不好逛??

3.一晚住新宿三晚住東京車站：
優點：上述問題都解決了
缺點：要搬家換飯店

問題一：住宿區域要怎麼選擇較適合我們？
問題二：吉卜力美術館安排第一天下午16:00可不可行？是否有風險？
問題三：第五天一早如果想善加利用的話(買東西、吃一點特色食物)住哪邊較適合？

自助新手現在很苦惱，還請版上前輩們提供意見，謝謝！

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