東京自助旅行四天 - 旅遊

這是第一次自助旅行去東京，
很多不懂，請各位達人們幫幫忙，感激不盡。
預計9/8~9/11號共計四天三夜，兩人出發。
機票大概看了一下，請旅行社代購的都約略1人NT.13000(這部分有辦法更省嗎?)
接著的問題是，人生地不熟，
如果住宿能否推薦一晚兩人共不超過NT4000的地點呢?
以及如果住宿的話，能否住宿都待同個地方住宿?
還是需要每晚都換不同的旅社(應應行程)?
目前粗略的行程大概是:
1.晴空塔
2.雷門
3.Sunshine 60展望台(想拍夜景)
4.三鷹吉卜力美術館
請問先後順序該怎麼排?有推薦其他可以順便排入的行程嗎?
或者我哪些行程需要縮減?
最後如果不算當地吃飯，買紀念品等等的支出，
兩人4天含機票以及三天雙人住宿費最低大概可以壓到多少錢呢?
已更新項目:
我查到了機加酒大概都13000含三天兩夜，
這樣感覺更划算，飯店地址是東京都中央區日本橋馬喰町2-2-1
成田下機，直接搭到日本橋，Accsess特快1280日元，
可是這樣是不是就得先答去地圖右上角晴空塔，
在往左邊地圖跑才能去宮崎駿，好像卡在中間不太順路耶....
另外是搭哪一線的電車?畢竟電車和電車中間還是有一個空窗地帶，
那只能走路嗎?
不好意思問題比較多~
2 個已更新項目:
我整理過後加上旅行社諮詢，
我大概了解了，
可以請問最後一個問題就好嗎?我直接選您為最佳解答。
這幾間旅館，哪一間比較方便去晴空塔和宮崎駿博物館?(搭車方便性)
加上附近吃喝方便便利性的綜合評估~
或者有經驗直接推薦給我更好~感激不盡
01.SMILE HOTEL東京日本橋 SMILE HOTEL TOKYO NIHONBASHI
02.新宿華盛頓飯店(本館) SHINJUKU WASHINGTON HOTEL(MAIN) (BH3TYO60B1)
03.SMILE HOTEL 浅草 Smile Hotel Asakusa (BH3TYO60AH1)
3 個已更新項目:
04.東京DAY NICE 飯店 DAY NICE HOTEL TOKYO
05.HOTEL VILLA FONTAINE日本橋三越前 VILLA FONTAINE HOTEL NIHONBASHI MITSUKOSHIMAE
06.IKEBUKURO RESOL HOTEL (BH3TYO60IR1)
HOTEL VILLA FONTAINE 上野 VILLA FONTAINE HOTEL UENO