直運運轉搭配二日券錢要怎麼算? - 東京

我目前有一天的行程是計畫搭乘東京地鐵東西線(淺藍)
到吉卜力美術館
預計是從"日本橋"到"吉祥寺"站下車

但到最後段由地鐵變成JR 但有直通運轉
如果我要搭配機場買的二日券
由東西線日本橋上車 直通運轉到吉祥寺 這樣會怎麼扣錢呢?
會不會反而變成不划算 把券刷下去它會自動判讀還是要先補票? 謝謝!

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